Halos vieleicht tödliches Geheimnis ist die Furcht erregende, parasitäre Lebensform namens Flood. Die Ursprünge der Flood sind unbekannt. Sie verfügt über Intelligenz und ist in der Lage, Fahrzeuge zu lenken und Waffen abzufeuern und das ohne jeglivhe Gnade. Die Flood tritt in drei Formen auf. In ihrer Infektionsform (Spore) fällt sie über ihre Opfer her und tauscht deren Biomasse gegen ihre eigene aus. Das Opfer wird so zum Wirt, der daraufhin zur Kampfform (Arbeiter) mutiert. Durch chemische Prozesse blockiert die Flood bis auf die lebenserhaltenden Funktionen jegliche Gehirnaktivität, so dass nur der Körper überlebt, während die Flood ihn transoformiert. Stark beschädigte Kampfformen, die nicht mehr einsatzfähig sind, mutieren zu Trägerformen (Trägern), einer Art mobilem Brutkasten für neue Sporen.